ソース管理されているASP.NET1.1の資産をASP.NET2.0にコンバートし、本番環境へデプロイするには以下の手順にて行うと良い様です。

１．VS.net2003で当該アプリケーションを開く
→全てチェックインされていて、最新バージョンが取得されているか確認して下さい

２．ファイル→ソース管理→ソース管理の変更　を開き、「バインド解除」
→VSSとローカルファイルが切り離されます

３．VS2005で２．のローカルプロジェクト（webサイト）を開く
→1.1→2.0変換処理が起動しますので、指示に従って変換を行います

４．webサイトをビルド
→コンパイルエラーが発生しないか確認して下さい

５．不要ファイルを削除
→.resxファイル、global.asaxファイル等は不要なので削除します（削除しなくても動作します）

６．IIS設定画面にて当該仮想ディレクトリのプロパティを開き、「ASP.NET」タブ内の.net frameworkバージョンを2.0.xに変更

７．「webの発行」にて適当なローカルフォルダにwebを発行

８．７．にて発行したweb資源を本番環境へコピー

９．本番環境のIIS設定画面にて当該仮想ディレクトリのプロパティを開き、、「ASP.NET」タブ内の.net frameworkバージョンを2.0.xに変更

１０．.net1.1以下が実行されているアプリケーションプールとは別に、.net2.0用のアプリケーションプールを作成し、９．の当該仮想ディレクトリにバインド

１１．web.configに対して行われた変更を本番環境のweb.configに対して手作業で反映する

１２．vs2005の開発資産をVSSに再度登録（旧資産は別名に変更）


以上で旧資産をVS2005環境へ移行し、本番稼動が出来るはずです。
変更の都度アップしますので、ご指摘等ありましたら気軽によろしくです！